Ano de 1997, um grupo de profissionais da educação fundaram o SISTEMA EDUCACIONAL INTEGRAÇÃO, (SEI) uma instituição particular que teria como princípio primeiro contribuir com a educação da região de Barcarena. No decorrer dos seus três primeiros anos de atuação, as administradoras criaram uma gestão participativa, onde a direção do SEI, foi entregue para o grupo de professores e funcionários do colégio SEI.
Em janeiro de 2001, a ASPFSEI – Associação de Professores e Funcionários do Colégio SEI, nascia, e através de um contrato de arrendamento assumiu a direção deste mencionado colégio. São anos de trabalho árduo relacionado com a pedagogia do amor e da responsabilidade.
No ano de 2003, a ASFSEI tomou as rédeas de sua autonomia e fundou o seu próprio colégio o – SISTEMA DE EDUCAÇÃO INTEGRADO, e assim mantendo ainda seu codinome de Colégio SEI.
Em assembléia geral no início do ano de 2004, a ASPFSEI aclamou o nome para a Direção da Escola, o Professor Raimundo Reis de Almeida (Professor Raimundinho) que através da equipe de professores e funcionários do colégio vem dinamizando e adequando a escola aos novos rumos, melhorando a estrutura e a qualidade de ensino.
Hoje, o SISTEMA DE EDUCAÇÃO INTEGRADO atende a Educação Infantil, o Ensino Fundamental, o Ensino Médio, a Educação de Jovens e Adultos e o Cursinho Pré-Vestibular.
O Colégio SEI possui área de lazer e esportes e uma vasta flora ambiental, projetos voltados para a formação da cidadania, o aguçamento da solidariedade, a educação ambiental, oficinas de arte e esporte, mas a marca de destaque desta escola está na aprovação do vestibular, que a cada ano que passa, bate o seu próprio Record de formação pré-universitária.